Hola:
Yo uso el programa Tsmuxer Gui 1.10.6 que me crea la estructura del bluray, puedes seleccionar audios y subtítulos o incluso añadir otras pistas tanto de audio como subtítulos y además en un par de minutos te hace la estructura, tan sencillo como seleccionar el mkv de entrada, marcar en output la opcion bluray disk. Luego uso el Nero para grabar el bluray desde la opción Blu-ray BDMV de video
Un saludo