Como te dice Noid, directamente para utilizar el pen drive como MC no se puede, pero puedes hacer backups de las partidas guardadas o la MC completa con distintas utilidades como el PS2OS, o el Launchelf y ahora com MyPS2.
Es muy sencillo. Te recomiendo Launchelf, si lo en la MC seleccionas filebrowser y te salen todos los perifericos que hay conectados en tu PS2, seleccionas el archivo o carpeta que quieres copiar mediante R1 te sale el minimenu de cortar, pegar, copiar, renombrar... y todo eso, luego eliges el destino y ala, a seguir jugando...
Luego para pasar la partida guardada del pen drive a la MC pues mas de lo mismo, pero al revés...
Suerte...