Hace tiempo hice esto para poder grabar mi escritorio con sonido usando el xvidcap. Estas instrucciones sirven para cualquier programa. Tengo Ubuntu en ingles así que no se como se llaman las opciones en español, mis disculpas.
1. Instala pavucontrol, lo puedes encontrar en el synaptic.
2. Abre pavucontrol, te aparecerá en el menú de vídeo y sonido un vez instalado (PulseAudio Volume Control).
3. Abre la pestaña de "Recording", no se si en español sera "Grabación" es la segunda pestaña.
4. En el combobox de hasta abajo elige "Applications" si no es que ya esta puesto.
5. Ahora abre el Sound Recorder y le das grabar.
6. Te aparecerá el Sound Recorder en el pavucontrol en la misma pestaña "Recording", en la opción que dice "Record Stream from" elige "Monitor of Internal Audio Analog Stereo".
7. Ahora simplemente reproduce algún sonido para verificar que el Sound Recorder lo capte.
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1440833