Bueno, puedes usar el DVDShrink. Primero volcas todas las pelis en varios directorios, y despues con una sola instancia del Shrink abierto, le das al boton reauthor, vas navegando por los directorios y vas añadiendo las pelis(titulos los llama el Shrink). Creo que el ultimo DVDShrink ya soporta DVD9. Despues le das a backup y puedes grabarlo con nero directamente, o hacer una ISO y que la grabe el dvd decrypter, o que te cree una estructura de dvd en el disco duro para poder editarlos etc.
Es una explicacion muy rapida porque hace meses que no uso DVDShrink. Lo he abierto ahora para ayudarte, si no lo ves claro me lo dices y vamos mas despacio