Que con juegos originales se te raye la consola si puede ser problema del lector, pero usando backups no, por lo que diria que tu problema no es de lector, si del nuevo firmware o payload del dongle(jailbreak¿?), da mas detalles... (CFW/Dongle,Loaders,etc..)
P.D: En caso de querer volver a 3.60 official hay un hilo que explica como limpiar el rastro, pero se desconoce que haya algo ABSOLUTO para que no te baneen en un futuro (tampoco esto quiere decir que vayan a banear).
Un saludo.