No tiene nada que ver con el cambio de motor... Si fuera por eso, muchisimos juegos no estarian numerados...
Gears of war 2, utiliza el mismo motor que GOW1, pero se llama 2.
Metal Gear Solid 3, creo recordar que utiliza el mismo motor que el 2, peor lleva un 3.
Y así cientos de juegos COD 2-3, HALO 1-2, SHENMUE 1-2, etc.
Realmente la numeración de los juegos depende del creador del mismo, si el (o ellos, o quien haga presión) considera que es un capitulo suficientemente innovador para ser la continuación del anterior, o cree que es la evolución logica de la serie, pues llevará una secuencia numerica. (o no)
Hay juegos que son la continuación logica de la serie, muchos comienzan donde otros los dejaron, otros comienzan años despues, otros años antes, y no llevan una secuencia numerica, y incluso hay precuelas que si la llevan.
En definitiva, lo numeran como les sale de los cojones.