Pues lo de que una cargue más rapido que otra también nos pasó, pero era por usar en una el umd original y en la otra la iso desde la ms.
La que usaba la ms cargaba mucho más rapido que la que usaba umd, iniciaba el juego y como no encontraba a la otra unidad, daba la conexión como caída y se salía de la partida sin esperar. Supongo que eso ya lo tuviste en cuenta porque es el problema típico, así que no siendo eso, no se porque podrá ser.
Lo único que se me ocurre es que, cargando los dos desde ms, una sea más rápida leyendo que la otra (por ejemplo siendo una high speed y la otra no) lo cual podría provocar el mismo tipo de conflicto.
Ah!, y otra cosa. Si tienes la partida del GTA Cheat Device cargada, aunque cargues nuevas partidas 20 veces, no te va a funcionar, asi que en ese caso, te aconsejaría que la quitaras de la ms, y volvieras a probar.
A ver si algo de esto te sirve para arreglar ese problema. Saludos y suerte.