Deja esa chapuza del nTune.
Utiliza el Rivatuner o el Atitool.
Como supongo que ya sabes a que frecuencia te es estable la grafica, abre dicho programa y crea un perfil de OC.
Activa la opcion en el Rivatuner para que te aplique los valores del OC cada vez que se inicie windows. Si tecleas en ejecutar "msconfig" (sin las comillas) veras que al inicio se cargara el programa Rivatuner.
Con el Atitool debes de crear un perfil y ejecutar dicho programa cada vez que inicies Windows, para posteriormente cargar el perfil creado previamente. Una vez cargado puedes cerrar el programa.
Por si te quedan dudas de si las nuevas frecuencias se han aplicado correctamente ejecuta el Everest y mira la seccion GPU, donde veras la frecuencia a la que trabaja tu grafica.
Lo de flashear la BIOS yo lo descartaria, te juegas la grafica en caso de que algo salga mal. Simplemente es aplicar unos nuevos valores a traves de un programa.
¡Saludos!