Hola, no he conseguido hacer lo que buscaba, pero he encontrado una alternativa
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Lo que he hecho, he particionado mi unidad swap de 1GB en 512MB para swap y la otra mitad en FAT16 para almacenar archivos.
No pude instalar Ubuntu en el Pendrive, por lo que sigo usando el LiveCD.
En la particion FAT tengo los archivos que quiero mantener (instalador de Java, interfaces (para configuración de red)..., luego un archivo de comandos por lotes con permiso de ejecución irá creando los directorios donde se instalará Java, se instalará, se eliminará luego el instalable para liberar espacio, se copiará interfaces en "/etc/network/interfaces". (los DNS los configuro manualmente, porque copiando el archivo no funciona...).
Bueno, la cosa es que me ha funcionado, y quiera que no, es una alternativa que no se me había ocurrido antes
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Un saludo y gracias ^^