Los saves siempre tienen que estar junto con los paquetes del juego en el medio que se precie. No puedes tener los saves en la NAND y el juego en el HDD; o al revés.
Adicionalmente, los juegos en el HDD siempre tienen prioridad frente a la NAND. Si mueves el save del HDD a la NAND, y acto seguido lo borras del HDD, cuando vuelvas a lanzar el juego desde el HDD se volverá a crear un save de cero, aunque éste exista en la NAND.
Quizás la mejor solución es hacer copias de los saves del HDD vez en cuando usando aplicaciones homebrew, para luego almacenarlas en tu PC, inyectarlas en la NAND o subirlas a algún servicio en la nube.
