A nivel de rendimiento, un USB3.0 a red gigabit da un ancho de banda igual que cualquier tarjeta integrada, con una ligera penalización a nivel de latencia (que te va a costar detectar porque normalmente en redes se habla como poco de milisegundos, y aquí hablo de valores bastante menores pero que acumulados lógicamente suponen una pequeña pérdida de rendimiento)
Vaya, que un adaptador USB3.0 es una solución válida con un rendimiento prácticamente igual que la integrada. Una tarjeta de red pcie en principio debería dar un rendimiento muy ligeramente superior que una por usb con el mismo chip, pero la diferencia sería difícilmente apreciable, y probablemente solo con una cantidad de conexiones muy alta (torrent a lo bestia, o similar).
...igualmente yo antes de "disparar al mensajero" intentaría identificar el problema real, volviendo a montar todo fuera como comentan por arriba. Aunque cueste más tiempo, si tienes, por ejemplo, un corto en alguno de los soportes de la placa base, podría estar escondiendo un fallo que podría ir a peor.
Saludos
