A ver, voy por partes:
-Sí te dan una sustitución al DNI hasta que te lo puedan hacer (un papelito cutre). Así que no tienes ningún problema con eso.
-Si pides duplicado de tarjeta claro que te la dan con el mismo número (sólo cambia el número de seguridad y el PIN, que no afecta en nada a las compras que hayas realizado).
La diferencia entre denunciar robo y pérdida, por ejemplo, es que si dices en el banco que has perdido las tarjetas te van a cobrar el duplicado, si te las robaron no, y lo mismo con el DNI.
Y no pasa nada si un día encuentras la cartera, ¿qué va a pasar? ¿Quién va a saber que la has recuperado? Las tarjetas que haya, el DNI y demás ya no te van a servir de nada, así que no hay problema.