Se puede subir la resolución desde el juego, pero para eso debería estar implementado en el propio juego ya que las texturas cambian (por ejemplo el HUD de un FPS sería más grande para que se viese igual).
Pero hablamos de juegos de DS que se ejecutan en otra consola. Esta otra consola no hace magia y lo único que hace es leer y ejecutar los juegos de DS. Es como si metes una DS dentro, en un rincón de la 3DS. Esta va a funcionar con lo que hay (capacidades de DS) nada más.
Lo lógico sería que las partes de DS y 3DS estuvieran totalmente separadas y aisladas, así Nintendo se ahorraría muchos quebraderos de cabeza en forma de bugs y agujeros ocultos.