Para poder hacer eso necesitarias que la 3DS detectara el PC como una consola por lo que necesitarias un emulador lo suficientemente desarrollado como para emular todo el firmware de la 3DS, ademas de eso como la transferencia se hace online accediendo a los servidores de nintendo necesitarias que en ese emulador estuviera un dump del firmware de una 3DS real para asi tener un numero de serie y demas datos validos por lo que no, no es posible ni creo que lo sea a corto-medio plazo.
Saludos