Hola buenas, para todos aquellos que quieran hacer un backup, no es posible sacar los archivos, pero sies posible clonar la tarjeta SD. De este modo con Win32Disk Image puedes crear un archivo img que contenga los saves y el resto de info que tengas en la tarjeta.
Al menos a mi me ha funcionado. Comprobado con Mario Odyssey he podido mantener la partida cambiando de SD.