He hecho pocas veces esto pero me ha funcionado bastante bien, al menos para dejar los programas tal y como estaban:
Haciendo una copia de tu /home/usuario, donde están las configuraciones de cada programa para el usuario, y de /etc, donde se guardan las configuraciones globales del sistema, tienes todas tus personalizaciones salvadas. Además de guardar una lista de los paquetes que tienes instalados, esto ya varía conforme cada distribución.
Con TAR se pueden hacer las copias para guardarlas en otro sitio, que guarda los permisos de cada fichero para que queden igual cuando reinstales.
Luego en el sistema nuevo recién instalado,habiendote creado un usuario de igual nombre que el que tenías por si las moscas, cargar la lista de los paquetes que tenías instalados, yo esto en k-ubuntu/debian lo haría con el Synaptic, para que se instalen los paquetes que ya tenías. Si hay algo que no tenías instalado por paquetes tendrás que reinstalarlo, pero tu configuración volverá a estar también para estos programas pues recuperas /home y /etc
Cuando tengas los programas instalados, recupera /home/ y /etc sustituyendo lo que hay (recomendable hacerlo con un livecd?)
Es posible que me deje algo importante que debas conservar pero creo que eso es todo, de todas formas es una buena forma de hacer la copia de las configuraciones de tus programas, y luego tus archivos personales los puedes copiar también pero si sólo te interesa la configuración es una buena forma de ahorrarte copiar 50 gigas, por ejemplo, con un norton ghost de esos.
De todas formas que alguien más experimentado te aconseje mejor.
) y me ha dejado el sistema tal como estaba cuando hice el backup. Totalmente recomendable este programa, todo el mundo deberia hacerse una backup de su SO x si las moscas. 