Pues básicamente hay 2 emuladores los oficiales de nintendo( hay 3 versiones x lo q se) y uno que esta en desarrollo.
Con el oficial no t pueden ayudar mucho x aqui , mas q nada pq es propiedad de nintendo ^^. Puedes conseguirlo extrayendo lo del zelda collector edition por ejemplo. Este emulador necesita 1 imagen x cada rom que quieras meter, básicamente es coger la iso del emulador oficial y cambiarle la rom( zelda o lo q sea) por la que tu quieras. Hay manuales de como hacerlo x el foro. Con este metodo para meter varias roms en un DvD tendrías que hacer un DvD multi juego, siendo cada "juego" una iso del emulador oficial con una rom metida. Las 3 versiones que hay del emulador son básicamente, 2 son diferentes versiones del emulador del zelda, que son las que mejor suelen ir para meterles roms, y despues hay otra version especialmente creada para el mario 64.
El problema de este emulador esq solo podras grabar en los zeldas( pq ya estan echo para eso el emulador) y el mario 64( Tarda Muuuuucho, pero funciona el guardado xD). Yo con este hice una vez un dvd con el mario , mario kart y el star wing , asiq si es posible.
La otra forma seria usando el emulador que hay en desarrolo , puedes encontrarlo en :
http://code.google.com/p/mupen64gcEl problema esq el desarrollo se esta centrando mas bien en la wii, aunq en principio pensaban mantener la retrocompabilidad creo q cada vez se preocupan menos de eso y va a acabar funcionando solo en wii. No te puedo mas info sobre este emulador ya que yo solo lo probe una vez hace tiempo y era injugable, no se si habran avanzado algo( supongo q si).