Hombre, cuando no se paga en plazo el recargo es normal. De lo contrario cada uno pagaría cuando le apeteciera por que total no pierdes nada por pagar fuera plazo.
Otra cosa es que te la cobren dos veces, como el OP dice que ha pasado. Si le embargaron más que la deuda (incluye principal + recargo) le tienen que devolver lo que corresponde, por supuesto.
Lo digo por que le pasó hace poquito a un familiar con la TGSS (le llegó la carta donde le notificaban una deuda de, pongamos, 300 euros, y le embargaron bastante más por error), recurrió en alzada (un simple escrito con las alegaciones y adjuntó el documento de deuda, los extractos bancarios del embargo y el extracto de la cuenta bancaria) y le dieron la razón devolviéndole la parte que no debía. Supongo que con Hacienda funcionará igual.