Si buscáis un poco entrevistas y demás por internet (son unas cuantas repartidas a lo largo de mucho tiempo) veréis que efectivamente, los episodios no son exactamente expansiones, sino lo que sería Half-Life 3. Según recuerdo no lo tenían planeado exactamente así desde el principio, por eso siguen llamándose Half-Life 2 y no 3.
La idea de Valve era pasarse al modelo de juegos por episodios porque les parecía que el tiempo de desarrollo de los juegos empezaba a hacerse demasiado largo (es decir, no son expansiones, principalmente porque no necesitas HL2 para jugar a ninguno de los episodios), aunque cuando salga el Episodio 3 piensan plantearse de nuevo el modelo a seguir. Creo que dijeron que querían conocer la opinión de la gente al respecto antes de continuar.
En cuanto a actualizaciones del motor, no sé si os dais cuenta de que desde HL2, pasando por el Ep1 y el Ep2, han ido actualizando el motor añadiendo cosas nuevas y mejorando el rendimiento en la medida de lo posible. El objetivo de Valve no es hacer ningún Crysis (graficamente hablando) sino juegos accesibles para la mayoría de los jugadores, con un apartado artístico currado adornado con unos cuantos efectos para la gama alta, no olvidéis que la plataforma base siempre es el PC y la inmensa mayoría no cambia de tarjeta gráfica, cpu, etc todos los años.
PD: En teoría HL2 Ep3 cierra el argumento de la saga, al menos en lo relacionado con la historia de HL2, no se ha aclarado si piensan continuarla siguiendo un rumbo distinto o si harán algo completamente nuevo.