Por problemas de compatibilidad no será, tu lista es correcta. No sé a qué precio te saldrá la 5500XT, pero antes te aconsejaría una GTX 1660, con menos consumo y más estable. Recuerda poner una fuente de alimentación decente con certificación mínima de Bronze y marca conocida (No Sentey, Nox o Tacens). No sé exactamente qué marcas normalitas tienen en el mercado americano. En Europa Adata se conoce, pero no suele ser marca prioritaria en nada, salvo que estén de oferta.
Respecto a la comparación entre el M2 PCI-e y el SATA es cierto que el primero tiene mayores velocidades de lectura/escritura sostenidas, pero en la práctica te aseguro que apenas vas a notar nada.
Para jugar con cualquiera de esas dos gráficas vas a ir bien en títulos a 1080p. de la actual generación, las siguientes están por ver; has de ser consciente que tu presupuesto no da para mucho y la gráfica va a ser de gama media-baja.
Con las cajas es complicado porque a gustos, colores. Es la parte que más ha de entrar por lo ojos. Es complicado saber los precios de allí, pero modelos tipo
Cooler Master con frontal mallado suelen ofrecer buena ventilación y espacio suficiente.