Te hago un breve resumen, primero conozcamos todas las partes:
Marvelous: Actual desarrolladora de Story of Seasons y de los anteriores Harvest Moon previos a los correspondientes juegos de 3DS junto con Natsume. Es japonesa y lo distribuye XseeD.
Natsume: Desarrolladora americana del actual Harvest Moon desde los juegos en 3DS.
Natsume y Marvelous rompieron sus acuerdos, de formas que ambos se dividieron, sin embargo, Natsume al ser distribuidora de Harvest Moon en Occidente obligó a Marvelous a perder el nombre, de forma que a día de hoy nos llegan dos "sagas" distintas; Story of Seasons, que es la original y la japonesa, y Harvest Moon que es la nueva y americana.
Todos los juegos de ambas han acabado llegando a Occidente, pero no ha sido así con HM en Japón, donde triunfa la que nosotros conocemos como Story of Seasons. El problema del HM de Natsume es que han perdido la esencia y no han sabido llevarlo bien, supongo que por la falta de Marvelous, que ya sabemos como son los japoneses y lo bien que hacen su trabajo, por lo que sus juegos desde la separación han sido simples, básicos y pobres, llegando a un punto en el que han tenido que copiar fórmulas de otros juegos, como ha sido la simpleza en 2,5D pero sus numerosas funciones de Stardew Valley (véase HM:LOH) o el estilo Minecraft que tomaron a partir de ¿Seeds of Memories?
Yo recomiendo muchísimo más Story of Seasons, por las numerosas opciones, jugabilidad y detalles, aunque también recalco que para mí no es lo mismo como aquellos que jugamos a HM:DS, pero por otro lado, tendremos pronto (o eso se supone porque salía en la lista de juegos que saldrían) un Story of Seasons para Switch, que de aprovechar los gráficos de Switch y la increíble jugabilidad que podría tener sería una maravilla.
Y Stardew Valley es un juego independiente, el más reciente que mezcla cosas de Harvest Moon, Animal Crossing... Pero comenzó en PC, es simple pero muy adictivo.
Supongo que tendré algunos errores porque no me he apoyado en nada para explicarlo, a ver si así se terminan de aclarar las dudas