Pues si, cada ayuntamiento dentro de las competencias que le atribuye la ley de bases de régimen local puede adoptar sus propias normas; entre sus competencias están la de exigir los tributos municipales (por eso pueden ser distintos de una ciudad a otra), ejecución de los presupuestos, etc. Son competencias de ejecución de competencias básicamente, porque deben actuar en la mayoría de casos bajo las bases dictadas por leyes estatales o de las CCAA (vamos que no tienen libre albedrío tampoco).
Por encima del municipio tienes las provincias también con sus propias competencias aplicables a todos los municipios que quedan dentro de su territorio; las CCAA que tienen las competencias que se establecen en sus estatutos de autonomía + las delegadas por el Estado; y finalmente el estado que le corresponden todas las competencias exclusivas que se establecen en la Constitución y todas aquellas que no hayan sido asumidas por otros entes territoriales.
Al final a cada nivel organizativo le corresponden unas funciones así que no resulta tan complejo. Si se podría organizar de otro modo, pues si, pero esta es la formula que se ha establecido en la Constitucion y no creo que vaya a cambiar.