Ya lo puse una vez en el foro de GBA, pero por repetirlo no pasa nada:).
El F2A usando el software oficial (si es USB no hay otra opción), se reserva 32k para "sus necesidades" (por no decir otra cosa:P). Si quieres que funcionen los juegos de 256M, tienes que recortarles esos 32K.
Vamos, que una vez que tengas el castle recortado a 256M, aún le tendras que sacar otro trocito, usa un editor hex cualquiera (lo dejo a tu elección); y si no estás familiarizado con ninguno dilo que te buscaré una alternativa más sencilla:)
Sobre el little writer, cuando no tienes ningún cartucho conectado, tienes que elegir cual quieres "emular". Eso te desaparece en cuanto conectes el linker por puerto paralelo y el flash dentro (si lo detecta, claro está).