Pues bien, para tranquilidad de todos los que me han ayudado y de aquellos que no lo han hehco he conseguido hacerl cargar el Xenogears y el Chrono Cross. Después de probar un millón de cosas (import player 2.1, X-plder, cargar un juego original y hacer swap, cargar el juego apretando reset unos segundos, parcheando, sin parchear, grabando a diferentes velocidades con diferentes programas, etc..) he aquí lo que me ha funcionado, lo dejo como documento para todo aquel que se encuentre en la misma situación que yo en el futuro. Tengo neo 2.2 en una V3 :
1-Parchear el juego (.bin) con el Patch-it
2-Quemar el CD con CDRWIN (yo lo he hecho a 12x)
3-Arrancar el cd2 del ar2 SIN apretar el reset, es decir normalmente.
3-ir a cargar juego sin codigos e insertar el cd parcheado cuando nos lo pida.
Y ya está. Repito: el juego que me tendría que arrancar del tiron una vez ocnvertido NO LO HACE, necesito usar el cd2 del ar2 SIN apretar el reset. Parece que los juegos van un pelin más lentos de lo normal, aparece una franja negra en la parte inferior de la pantalla y ésta aparece un pelin descolocada hacia arriba, vamos, que el efecto es el de una mala conversión a PAL de un juego ntsc, nada importante que no nos vayamos a encontrar TODOS los que compremos FFX Pal por ejemplo. Pero bueno, el juego carga que es lo que me importaba después de estar a punto de hacer una hoguera con mi pila de back ups importados.
Un saludo