Los Yo-kai Watch tienen muy buenas misiones secundarias, aunque tambien se cuela alguna chunga, pero por lo general estan cuidadas.
Snack World y LBX me suena que tambien.
Las misiones secundarias del Fire Emblem Three Houses me gustaron bastante, eran simples, pero te ponian desafios o distintas formas de atacar para lograr lo que buscas.
Pokémon Mundo Misterioso es puro recadeo (aunque el juego en si lo es en cierta forma, no se explicarlo), pero si te pica la dificultad o lo que sea, imagino que las posibilidades son infinitas.