No conozco ninguna herramienta pero asi a bote pronto veo dos alternativas:
- Crearte una maquina virtual Windows con programas como VirtualBox, QEmu, VMware, etc.
- Acceder via RDP a dicha herramienta. Las ultimas versiones de RDesktop permiten cargar la aplicacion e integrarla en el escritorio *nix sin tener que cargar el escritorio remoto. Mira la documentacion de RDesktop para este caso.