El microcontrolador que emplea el WIIKEY es de gama bajilla, es imposible segúnsus caracterísitcas que detecten si ese micro le ha montado la empresa que fabrica el wiikey o tú en tu casa con firmas digitales ocultas o cosas raras. Y el código que va dentro también es el mismo para todos.
Simplemente si el chip viene blaco de fábrica hay que cargarle primero un bootloader + sistema para interpretar los datos de actualizavión del lector. Una vez hecho eso, y debido a una característica que permite la autoprogramación de la flash (como en algunos PIC de gama alta, aunque en estos va limitado) ya puedes actualizar el chip desde DVD al 100%, no como los PIC que para actualizar algo más que la EEPROM necesitas programador por fuerza.