Exacto, no puedes seleccionar el juego "Action Replay" (que es el que contiene el código para que salte el Loader) y a la vez el otro juego, por lo que tendrás que hacer lo que te he dicho, añadir al "juego" Action Replay otro código aparte del de cargar el loader, cómo si fuera otro truco para el mismo juego, y seleccionar ambos a la vez (también rezar por que no te genere conflictos con el loader).
Un poco engorroso, ya que desaparece la organización por juegos, y no se si estará limitado el número de trucos por juego, pero sin embargo para probar un juego te vale....
También puedes hacer lo inverso, meter el código del AR en la entrada de otro juego, pero meter ese tocho código lleva su tiempo, con teclado todavía...