Cada navegador tiene su propio método para almacenar las cookies y de gestionar los sitios admitidos, aunque es posible que haya algún script o programa encargado de gestionarlo en todos los navegadores al mismo tiempo. Hay que tener en cuenta que existen muchísimos navegadores tanto gráficos como de consola: Firefox, Chromium, Opera, Konqueror, Midori, Rekonq, Arora, Elinks, Lynx, Links, Epiphany, Kazehakase, Dillo, SeaMonkey, Amaya, W3M...
Tal vez lo mejor sea concentrarse en usar uno solo. Por ejemplo Konqueror, al cual se le puede cambiar el motor, es una buena opción que es utilizada además por las aplicaciones de KDE, de manera que los cambios que hagas también se aplicarán al resto de programas (como por ejemplo Ktorrent, Akregator, etc.).