Sin haberlo juegado, asumo ke el Mass Effect lo tiene.
El Assassins no tiene ese toque de bueno o malo tan marcado, pero algo parecido le pasa con la discreccion y el buen hacer.
Yo creo que tu juego va a ser el Fable 2 cuando salga... algo me dice que si... y a mi tambien!
Otro que se me antoja ke si tiene esa capacidad de eleccion y ademas bastante pura es el Overlord. No se si te gustara al genero pero tiene mucho de esa libertad de la que hablas.
Un saludo y espero haberte ayudado!