Vamos a ver, si tú le has dicho al Windows que lea el disco de una manera determinada y acto seguido le cambias la manera de leer el disco, lo propio es que deje de funcionar. Es muy básico.
El problema te surgía cuando Windows intentaba tomar el control de los discos mediante los drivers en lugar de dejar el acceso básico de la BIOS. Esto lo hace para agilizar el acceso al disco y estas cosas. Al gestor de arranque le da igual, sólo obedece a lo que le dicta la BIOS, por lo tanto te permitía acceder a la carga de Windows. Windows empezaba a cargar según lo que dictaba la BIOS, ergo salía el logo, pero sólo hasta que cargaba el driver del disco. Entonces es cuando salta el error, BSOD: 0x7B INACCESSIBLE_BOOT_DEVICE; Windows reinicia y fuera. Si querías haber cambiado el sistema de Copatibilidad IDE a AHCI (SATA Nativo) tendrías que haber generalizado previamente la instalación para que Windows no se acogiera a los drivers IDE para intentar acceder al disco.
Por otra parte como el sistema de recuperación ya está "generalizado" por definición, arrancaba, pero como no puede modificar contoladores de la instalación, fallaba estrepitosamente.