A ver, a la pregunta de si se puede flashear el lector por USB, la respuesta es SI, claro que se puede, como ya se demostro con la actualizacion esa que comentas que reflasheaba los lectores. Pero de saber que se puede hacer a saber COMO se puede hacer hay un largo camino. Igual es que no se han puesto las personas adecuadas a investigarlo, o sencillamente, como ya hay otros metodos para hacerlo, pues no se han molestado en investigarlo.
Pero vamos, si te ves con ganas a hacer ingenieria inversa para descubrir el metodo tienes todo mi apoyo y todo mi animo.
PD: yo he flasheado unas cuantas maquinas y no he gastado ni un solo € en hardware para hacerlo.