Yo tengo el mismo problema con algunas aplicaciones que no corren bien sin lector.
Tengo 2 PS2 una Fat que le funciona todo ok y una Slim con el lente dañado que la ocupo con un pendrive y a veces con un HDD externo (ambas con el FMCB). La Fat me corre todas las aplicaciones que he probado, pero la Slim SCPH-77001 se queda colgada en pantalla negra con el SNESTATION y con el USB Advance se queda colgada en la pantalla roja de inicio, igual sucede con otras aplicaciones como las que mencionan arriba en el primer post. Las demas aplicaciones si corren bien como el SMS y el OPL
Al parecer es un problema de incompactibilidad de las aplicaciones entre las diferentes versiones de PS2, pues las mismas las he probado en otras slim (diferente modelo) de algunos amigos y si corren bien, solo en algunas que se desconfiguran algunas opciones, por ejemplo a un amigo se le desconfigura la norma NTSC del Snestation con algunos juegos y no la puede cambiar, tiene que colocarla en una fat para configurarlo de nuevo.