Si actualizas a través de la Wii a la ultima versión (4.2), pierdes todo lo que nombras dado que la actualización 4.2 lo que hace es borrar eso, no trae ninguna mejora.
Si quieres actualizar la Wii a la ultima versión es aconsejable usar alguno de los programas que hay para tales fines para que te actualicen la Wii a 4.1. Como te he dicho, la 4.2 no trae nada nuevo/interesante. Como ejemplo puedes ver Pimp My Wii, que hace justo lo que andas buscando.