La velocidad de transferencia por USB 2.0 es muchísimo más rápida que la velocidad de transferencia por SD.. En cambio, la transferencia por USB 1.1 (y 1.0, obviamente) es más lenta que la transferencia por SD, por tanto tenemos que la velocidad va asi:
USB 2.0 > SD > USB 1.1/USB 1.0.
Como el HBC utiliza USB 1.1 (no tiene los drivers para el USB 2.0), entonces es evidente que la carga de aplicaciones por USB sea más lenta que por SD.
Saludos