Pues se me hace raro que tengas esos problemas, llevo meses usando el WinHiip y nunca e tenido ese problema y vaya que borro y actualizo juegos al ser el Disco Duro de apenas 4GB.
Te recomiendo consiguas la version mas reciente que es la 1.7.2.
Ahora bien, ¿solo usas el WinHiip o algun otro programa para hacer particiones al disco duro?, quiza usaste algun otro programa cono el PS2Menu o el PS2OS que crean particiones que no son compatibles con las hechas pro el HDL/HDA que son las que manejan el WinHiip y HDL_Dump y quiza y solo quiza no actualizaron bien la base de contenido de particiones o bien tuvieste fallos en el sistema PC -una leve interrupcion de la energia electrica, etc-.