Te cuento un problema que tuve con mi HD Seagate 40 Gb 7200 RPM, lo mismo te sirve de ayuda.
To tengo 2 discos duros, el Seagate y otro Maxtor de 2,5 Gb. El Seagate lo tengo en el IDE Primario como maestro. Pues si le pongo el Maxtor como esclavo la BIOS no me detecta el Seagate y no puedo ni arrancar el ordenador.
Prueba a ponerlos en IDEs distintos.
Un saludo.