Sí.
Supondré que el vídeo es x264 o h264 con un perfil 4.1 o inferior y el audio es ac3 que es lo más común. Si es así, lo más rápido es extraer el vídeo y el audio (con mkvextractgui2), re-comprimir el audio a aac (el ac3 no lo coge la xbox) y luego montar un mp4 con el video original y el audio convertido.