Es curioso , porque a mi me pasaba algo muy parecido.
Yo usaba el hdloader original, y como el muy ·%&$/ me daba problemas para formatear el HD, pues cogí y lo formatee con winhiip, y ya de paso lo usé para grabar los juegos al HD. Entonces cuando me disponia a iniciar cualquier juego desde el hdloader, se quedaba la pantalla en negro por completo. Yo este problema lo achaque a que o winhiip era incompatible con el Messiah2 q tengo puesto o que era el propio HdLoader el incompatible con el chip.
Decidí instalar el freeHdloader en la MC y vi entonces que ese problema desaparecía.
No se si lo que te pasa a ti es lo mismo... pero seguro que es algo parecido. Prueba con otras versiones de HdLoader o del HdAdvance.