Por lo que dices tu disco duro lo conectaras por medio del USB no?
Pues el HD Loader no funciona por USB, solo funciona con la PS2 antigua (la grande) que trae un hueco para metas el disco duro dentro y luego necesitas el adaptador de red ethernet que trae el conector IDE para que conectes el disco con la PS2.
Tambien hay un sistema para la PSTwo, una carcasa que te convierte la PSTwo en una PS2 grande para que metas el disco duro.
Si lo haces por este sistema tendras una compatibilidad del 85% de los juegos.
Si lo quieres conectar el disco a traves del USB, lo puedes hacer, pero es con otro programa que es el USB advanced o USB extreme que es mucho mas comodo, pero con este sistema tendras una compatibilidad que creo que no llega ni al 10%
Lo de las particiones no lo he probado, no se si podras tener las 2 particiones. Yo lo tengo con un disco y al conectarlo primera vez te detecta el disco, te da un aviso que lo va a formatear y que perderas toda la informacion, y lo formatea.
Alguno que lo haya probado que diga si funciona o no.