HD LOADER y PARTICIONES

Hola , resulta que tengo un disco duro de 40gb q en el hd loader va perfect , pero tengo 1 problema , q tb me gustaria poderlo utilizar en el ordenador para guardar datos , vamos q me gustaria tener 20gb para la ps2 y 20gb para poder usarlos en el pc (con un adaptador de hdd a usb2)
Cuando le doy a formatear en el hd loader , aunq tenga 2 o 3 particiones hechas , me las borra todas creando 1 sola de formato ps2 que el ordenador no reconoce (ni el partition magic)
Hay algun modo de crear 2 particiones y q el hdloader solo utilize 1 de ellas? muchas gracias ;)
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