SI lo usas como disco interno (en la PS2 gorda con el NA y HDLoader), tienes que formatear el disco para PS2. No puedes tener mas de una particion, osea una particion como PS2 y la otra como FAT o NTSC. No se puede, tiene que ser todo el disco.
Por otra parte, si lo quieres usar como disco externo (Via USB con USBAdvance), el USB Advance lee solo la primer particion hasta donde yo se y previamente hay que formatearla de un modo especial (en los tutoriales se explica).
Saludos