Pués sí, la verdad es que no te habías explicado nada bien.
Vamos a ver, el Freemcboot lo tienes que tener por narices en la tarjeta
porque es un exploit para ella, es decir explota un agujero de seguridad
de la tarjeta para poder ejecutar software casero, luego por lógica sólo
puede estar ahí.
En cuanto a tener los programas y ejecutarlos desde el pendrive, pués claro
que puedes tenerlos en él, siempre y cuando sean capaces de iniciarse desde
pendrive, que son la mayoría.
Para el disco duro pués logicamente para los juegos, y en cuanto a los programas
algunos funcionan desde él como el Hdloader, pero otros como emuladores y demás
ya no tienen soporte para ejecutarlos desde el disco duro.
Cuando dices; "Disco duro: Juegos y su programa logicamente", su programa
NO lógicamente ha de ir en el disco duro, los programas pueden ir en todas
partes mientras sean compatibles desde el lugar que se ejecute.
Con el Freemcboot y el uLE se les configuran las rutas del lugar donde tengas
alojados los programas, (tarjeta, pendrive, disco duro).
Espero que te haya quedado claro, en todo caso cuando instales los programas
y configures cosas sobre la marcha ya lo verás mejor, preguntando en su
momento si te encallas o para saber exactamente que programa quieres usar,
para lo cual también hay información en sus correspondientes hilos en el foro,
todo esto es muy básico.
Saludos.