Si ambas particiones son principales la PS3 no deberia tener problema en leerlas, yo tengo un HD externo formateado 1º en WBFS y con otra en Fat32 y la PS3 me reconoce la Fat sin problemas.
Comprueba que no sea problema de alimentación, porque si es de 2.5' coge la alimentación del propio USB, y hay algunos PCs (o consolas o lo que sea) que no dan la alimentación necesaria por un solo USB (a mi me pasa en el TDT, pues tiene un USB, y si le conecto mi HD de 2.5' no funciona, porque no lo alimenta bien), y por eso hay cables que traen como 2 cabezas, para que conectes a varios USBs (para alimentación) o quizas incluso del propio cable, que produzca una caida de tensión demasiado grande, y no le llege al HD la suficiente como para funcionar bien.
Salu2