Hola:
Yo también he cambiado a una slim de 4GB, y he puesto el disco duro de 120 GB de la FAT. Por ahora estoy a la espera de que me llegue la carcasa.
En mi caso, los juegos que tenía instalados en el disco duro los he tenido que volver a instalar porque no podía jugarlos desde el disco duro, y los arcade los he tenido que volver a descargar ya que me los reconocía como demos.
Con los perfiles y las partidas guardadas no he tenido problemas.