Al final lo e conseguido arreglar, ante todo dar las gracias a la gente que me a intentao ayudar, y por si a alguien le ha pasado lo mismo expongo la solución:
XBOXHDM v1.9 además de que tiene problemas a la hora de blockear algún HDD, a mi me ha pasado con un HDD Seagate de 30 GB, modifica cierta información de la Bios para que omitan (no detecten) los HDD con formatos que no reconozcan (FatX), mi placa en concreto es MSI, en un principio pensé que el problema era de mi HDD o que el XBOXHDM se lo había cargado. La única solución que he encontrado y despues de mucho tratear por las WEBS ha sido actualizar la BIOS de mi placa y por suerte que hubiese una versión superior a la que yo tenía, no se si con la inferiores funcionaría.
Tan sencillo como eso y como decía Chimpum la solución es pa darse de cabezazos en la pared por no haberla visto antes.