¿Esos BIN/CUE son de un juego en CD? Si es así, el que no te funcionen al transformarlos a ISO seguramente se deba a que el WinISO te cambia la imágen de modo 2 (MODE 2, imprescindible para que los CD's de PS2 los lea la ocnsola), a modo 1. Al menos a mí me pasó esto un par de veces, con el resultado de que no funcionaban las imágenes instaladas.
No sé el HDL Dump GUI, pero el WinHiip te permite diréctamente instalar imágenes en formato BIN/CUE al disco duro. Haz la prueba (si no has borrado los BIN/CUE originales, claro).
Saludos!