Mi opinion es que lo mejor que puedes hacer es currarte un CD de arranque con el hdloader fully patched 0.7x y asi lo arrancas con el mxl2 activado y no tendras problemas despues a la hora de que te reconozca los backups.
O sea que ya sabes
SYSTEM.CNF apuntando al ELF del HDLOADER
ELHDLOADER.ELF
DUMMY.BIN de 50 Mb o mas
Con el CDGENPS2 haces una compilacion metiendo primero el SYSTEM.CNF y haciendole LBAFIX al valor 12231
Luego añades el dummy
Luego añades el LEHDLOADER.ELF
Grabas la imagen como Bin/Cue y la tuestas en un CD con tu programa favorito a la minima velocidad posible.
Listo, ya tienes un HDLOADER que arranca (porque lo autentifica el mxl2 que estara activado) y que te cargara los backups desde la lente de la consola (porque te los autentifica el mxl2 que estara activado).
Suerte!
Por cierto, ni que decir tiene que si lo instalas en la memory card para arrancarlo con el exploit del CD PSX no te va a autentificar los backups en la vida porque tienes que poner el mxl2 en modo PSX/DVDVideo para que arranque el exploit, y esto en si mismo hace imposible que un backup de PS2 pase la seguridad y desbloquee el lector.