Exacto, ese es el problema, al copiar el jugo directamente desde la PS2, esta no te detecta la segunda capa (no se porque) y entonces solo tienes la mitad del juego en el disco duro.
Lo que tienes que hacer es eso mismo que hiciste, crear la imagen y pasarla desde el ordenador, comom no se si pasaste algun juego desde el ordenador, te indico mas o menos los pasos:
Descarga el WinHiip, conecta el disco duro al ordenador (no si si da igual conectarde por USB que por IDE, ya que yo siempre lo hago por IDE porque no tengo caja USB), inicia el winhiip, selecciona la imagen listo
saludos!