No entiendo la pregunta, ¿de que estamos hablando?... ¿de una PC o de un aparato reproductor?
CUando hablas de audio analogo ¿quieres decir que la salida de audio del aparato que envia el audio/video la haces por las conexiones analogas [y con ello seran en estereo]?, y a su vez cuando hablas de audio digital, ¿etas diciendo que usas la salida optica/coaxia o de hdmi del aparato que envia el audio/video?
¿Se puede sacar 5.1 via digital para un audio en dos canales?
Solo por responder te dire que si se puede, y se llama multiplexado, asi en un solo canal van mezclados dos canales independientes, y el multiplexado puede ser tanto en señal digital como en analoga, la enmptresa Dolby y otras tantas de la epoca [años 60's del siglopasado] hacien esto para el audio cuadrafonico [4 canales de audio], asi si el aparato reproductor er estereo, pues solo se escuchaban lod dos canales principales, pero si era cuadrafonico se escuchaban los 4 canales.
Ejemplos de señales multiplexadas hay mucho, los mas evidentes son los archivos de video, en el contenedor de video [mp4, mkv, avi, flv, ogm, mpg, wmv, etc.] van multiplezadas los streams de audio y video, el reproductor demultiplexa para separar cada stream. Tambien en la señal de television aerea, ya sea analoga o digital, van multiplezados los streasm de audio/video junto con los datos de closecaptions y otras informaciones, el sintonizador del televisor demultiplexa la señal separando los streams y enviandolos a los circuitos correspondientes.